vendredi 28 mars 2014

Reporter les problèmes à hier plutôt qu'à demain









Matériel supplémentaire

Les ères géologiques sont des subdivisions de l'histoire de notre planète qu'on peut distinguer en examinant les couches successives de minéraux qui se trouvent sous nos pieds (ou qui se trouvent exposés sur la face d'une falaise). Les strates géologiques ont connu des conditions de sédimentation homogènes et similaires, ou présentent des fossiles spécifiques qui permettent de les identifier. Le Phanérozoïque, par exemple, une des divisions de l'histoire de notre planète, commence avec l'apparition des premiers fossiles à coquilles. Les géologues peuvent facilement, en examinant une falaise, pointer les couches de roc correspondant à telle ou telle époque (les époques les plus lointaines correspondant aux couches sédimentaires les plus profondément enfouies).

Un peu comme la géographie se divise d'abord en continents, puis en pays, puis en régions, notre histoire se divise d'abord en en éons, puis en ères, puis en périodes, puis en époques et finalement en étages. On fait d'habitude principalement référence aux périodes pour ce qui précède la disparition des dinosaures et aux époques pour ce qui la suit; les autres divisions sont davantage utiles aux spécialistes qu'au commun des mortels.

Les éons se divisent ainsi:

L'Hadéen, qui vit se former notre planète sous la forme d'une grosse masse incandescente de poussière cosmique en même temps que le reste du système solaire. On le place à il y a environ 4,6 milliards d'années.

Le Protérozoïque, au cours du quel la vie est d'abord apparue. (La vie est apparue très tôt, tout bien considéré)! Il va d'il y a 4 milliards à 635 millions d'années.

Depuis nous vivons dans le Phanérozoïque, qui vit apparaître la plupart des formes de vie avec lesquelles nous sommes familiers. De ce qui existait avant, comme la faune de l'édiacara, on ne sait malheureusement pas grand chose; leurs fossiles suggérant une allure gracile et fragile n'ont pas laissé beaucoup d'informations. Mais on peut encore se laisser fasciner par le mystère que ces créatures ont laissé!

Les ères du Phanérozoïque sont les suivantes: le Paléozoïque (542 à 251 millions d'années, commençant avec des organismes à coquille primitifs et se concluant avec le développement des premiers reptiles et des premières plantes complexes comme les conifères), le Mésozoïque (251 à 65 millions d'années, avec le développement de la faune terrestre et de tous les grands reptiles qui nous émerveillent encore; il se conclut avec la fin des dinosaures) et le Cénozoïque (65 millions d'années à aujourd'hui; c'est l'ère des mammifères).

La colonne géologique nous permettant de mettre une date approximative sur les fossiles qu'on y trouve enfouis, on constate aisément que les formes de vie changent avec le temps, à cause des différents mécanismes de l'évolution. Ces changements sont de différentes nature. Au sein d'un même groupe on verra des formes corporelles changer; des groupes se diviseront aussi pour donner naissance à des sous-groupes indépendants qui deviendront éventuellement qui un tyrannosaure, qui un poulet; on voit également, souvent, même, des lignées s'éteindre. En creusant le sol verticalement à la recherche de fossiles, on trouvera certaines formes qui occupent plusieurs étages... mais jamais tous les étages. Certains fossiles abondants dans les couches correspondant à une période s'étalant d'il y a 150 millions d'années à il y a 100 millions d'années disparaissent soudain dans les couches supérieures. C'est le signe qu'à partir d'il y a 100 millions d'années, ces créatures ont cessé d'exister.

De temps à autres, en certains de ces points signalant une extinction, on ne verra pas la fin d'une seule lignée mais bien de dizaines, de centaines, voire de milliers de types animaux ou végétaux. Ce sont des cas d'extinction massive, moments terribles ou pour une raison ou une autre les conditions sur la planète sont devenues brutalement impropres à la survie de nombreux animaux, plantes et autres êtres vivants. Il y a eu cinq principales extinctions massives, et plus d'un scientifique estime que nous sommes en train d'en vivre une nouvelle, à cause de l'activité humaine. La plus célèbre de ces extinctions massives est certainement celle qui a eu lieu à la jonction entre deux ères du Phanérozoïque: le Mésozoïque et le Cénozoïque dans lequel nous vivons encore. À une échelle de temps plus petite, cette transition a eu lieu entre deux périodes: le Crétacé (à la fin du Mésozoïque) et le Paléogène (au début du Cénozoïque). Comme le Paléogène, avec le Néogène, était jadis appelé "ère tertiaire", on fait encore souvent référence à la jonction Crétacé-Paléogène sous le nom de Crétacé-Tertiaire, ou K/T. Cette transition particulière est célèbre parce qu'elle a vu la fin de l'ère des dinosaures. On est à peu près convaincu qu'elle correspond à l'impact d'un astéroïde de plus de 10 km de diamètre qui nous aurait laissé le cratère de Chixculub au Mexique, ainsi que de nombreux indices suggérant un tel impact. Une mince couche très enrichie en iridium, un métal rare à la surface de notre planète mais plus fréquent dans les aérolithes, est en effet distribuée globalement dans la couche sédimentaire séparant le Crétacé du Paléogène; elle aurait été déposée là quand l'astéroïde a été pulvérisé, laissant choir ses débris un peu partout autour du monde.

L'extinction associe à la transition K/T n'est pas la seule, on l'a dit plus haut, ni même la plus importante. On compte cinq évènements majeurs d'extinction massive.

Il y a 434 millions d'années, la transition entre l'Ordovicien et le Silurien s'accompagna de la disparition de 60% de tous les genres marins ou terrestres.

L'extinction associée à la transition Dévonien-Carbonifère, il y a environ 360 millions d'années, fut relativement lente (s'étirant sur quelques millions d'années). Elle vit surtout disparaître la plus grande partie des coraux qui à l'époque étaient extrêmement abondants. (Le nom "Carbonifère" vient de ce que la plus grande partie du charbon de l'Europe de l'ouest provient des nombreuses plantes vivant à cette époque, plantes dont les restes riches en carbone ont été compressés dans le sol pendant des millions d'années).

L'extinction du Permien, qui est notre sujet ici, mena à la disparition de près de 95% de toutes les formes de vie marine. Ce fut la plus catastrophique des extinctions connues. 95% des formes vivantes!!! Le concept de décimation et le verbe décimer, utilisés par l'armée romaine qui tuait un soldat sur dix pour maintenir la discipline dans les rangs d'une troupe coupable de quelque manquement, semblent bien mièvres en comparaison.

La fin du Triassique vit la disparition de 80% des espèces terrestres et de 50% des invertébrés marins.

L'extinction du K/T élimina la plupart des dinosaures (seuls les oiseaux, qui sont les descendants directs de certains dinosaures, devaient leur survivre). Pratiquement aucun grand animal terrestre ne survécut, ce qui permit d'ouvrir la porte à l'âge des mammifères. (Les mammifères existaient en fait avant les dinosaures, mais ne pouvaient apparemment pas compétitioner avec eux).

Des recherches suggèrent que chaque extinction de masse s'est accompagnée d'une variation importante de la concentration de CO2 atmosphérique. Le CO2 a différents effets: nous savons qu'en tant que gaz à effet de serre il contribue au réchauffement de l'atmosphère et à des modfifications globales du climat et des courants marins, mais il cause aussi une acidification des eaux (parce que CO2 +H2O -> H2CO3, l'acide carbonique, et que cette acidification provoque la décalcification des coquilles des organismes marins. Rien de bien bon, comme vous pouvez le voir). Ceci, bien entendu, devrait nous faire dresser l'oreille en tant que conducteurs d'automobiles et grands épandeurs de CO2.

jeudi 27 mars 2014

Corrélation et causalité









Matériel supplémentaire

C'est un principe logique fondamental: corrélation n'égale pas causalité (cum hoc ergo propter hoc, dirait Bernard Landry). Il est tout à fait naturel, parce que c'est dans la nature humaine, de chercher à faire des liens entre deux observations disparates et à se demander s'il n'y a pas un lien entre les deux. Mais ce lien, toujours, doit être établi d'une façon contrôlée.

Allons-y d'un exemple. L'horoscope pour le signe du lion d'aujourd'hui nous informe de ce que les gens nés sous ces étoiles se sentiront "pleins d'énergie pour entreprendre de nouvelles choses". Bon, bon, bon. Outre le fait que ce genre de prédiction est extrêmement vague et que d'un journal à l'autre on ne présente pas les mêmes prédictions, prenons-le quand même au pied de la lettre. Il y a en ce moment 7 222 378 000 personnes sur Terre. En supposant que les naissances se distribuent grosso modo entre tous les mois de l'année, cela nous donnerait 602 000 000 personnes nées sous le signe du lion. Parmi ces personnes, il y en a certainement quelques-unes qui auront lu la prédiction présentée ci-haut. Et parmi ces lecteurs, il s'en trouvera qui se sentiront effectivement pleins d'énergie pour entreprendre de nouvelles choses aujourd'hui. Ces gens-là seraient certes justifiés de se dire "mince alors, quel astrologue de talent a écrit cet horoscope! Il y a une corrélation parfaite entre sa prédiction et ce que j'observe"!

Mais voilà, il ne suffit pas de faire une corrélation. Il faut ensuite voir si elle est solide. Dans ce cas-ci, il se trouvera beaucoup plus de gens ne se sentant pas particulièrement énergiques aujourd'hui que de gens se sentant prêts à grimper le K2; et si d'aventure un statisticien recensait le niveau d'énergie de tous les lecteurs d'horoscope et comparait leur état à la prédiction de l'horoscope, il établirait hors de tout doute que la corrélation entre la prédiction et le nombre d'individus se sentant effectivement énergiques aujourd'hui est extrêmement ténue, la plupart des lions ne se sentant en effet, au contraire de ce que disait l'horoscope, pas particulièrement énergiques.

En d'autres termes il ne suffit pas de présenter un cas, une anecdote, dix cas, dix anecdotes, mille cas, mille anecdotes, pour démontrer qu'une association entre deux variables est significative. Il faut montrer que cette association se produit plus souvent que ce que le simple hasard prédirait.

Un triste cas de mauvaise compréhension de la différence entre corrélation et causalité a depuis quelques années défrayé la manchette. Je parle ici de l'idée selon laquelle l'autisme serait provoqué par la vaccination, et particulièrement (initialement) par le vaccin triple contre la rougeole, la rubéole et les oreillons (dit "vaccin MMR"). Cette histoire ne relèverait que de l'anecdote populaire ("Seigneur, que ces mortels sont fous", dit Puck dans le songe d'une nuit d'été) si elle n'avait pas conduit un nombre important de personnes à mettre en doute l'efficacité de la vaccination et à refuser que leurs enfants ne soient immunisés (le fait que des starlettes et d'anciennes playgirls aient été très actives dans la propagation de ces élucubrations n'ayant certes pas aidé la situation). Encore heureux que la polio et la variole aient déjà été éliminés, mais même comme ça de nombreux enfants sont tombés malades inutilement et certains sont même décédés. Au début du XXIe siècle, la campagne de désinformation anti-vaccination avait provoqué au Royaume-Uni une baisse du taux de vaccination contre ces trois maladies, qui atteignait 92% en 1996 mais seulement 79% en 2003 (selon cette source). Cela devait se traduire par une augmentation de cas de maladie infantiles, comme on pouvait s'y attendre: 4 204 cas d'oreillons en 2003; 16 436 cas en 2004, et 56 390 en 2005. D'accord, une fois de plus corrélation n'implique pas causalité. Mais on a amplement démontré que (a) les oreillons sont causés par un virus; (b) les vaccins peuvent protéger contre plusieurs virus, en préparant à l'avance notre système immunitaire à les reconnaître, réduisant ainsi soit l'apparition de la maladie soit sa sévérité; (c) les gens vaccinés tombent moins malades que les gens non-vaccinés. Et c'est exactement ce qu'on observe ici.

Considérant que la vaccination a éliminé la variole de la surface de la Terre, preuve assez spectaculaire de son utilité, on peut se demander d'où est venue cette vague de méfiance qui remettait son efficacité en doute (parce que si à l'origine le mouvement ne se contentait que de faire un lien entre autisme et vaccination, l'irrationnel du genre humain avait eu tôt fait d'en venir à affirmer que la vaccination ne fonctionnait pas du tout, et était même le fruit d'une sinistre conspiration entre multinationales âpres au gain et décidées à empoisonner la planète, en collaboration avec des gouvernements dans la poche des compagnies pharmaceutiques et probablement de Satan en personne. Vous savez comment se propagent les légendes urbaines, et contre ces épidémies-là il n'y a pas de vaccin). Il semble qu'à l'origine du mouvement se soit trouvé un groupe de parents d'enfants atteints d'autisme, parents qui avaient fait un lien entre l'âge auquel l'autisme est souvent diagnostiqué (environ deux ans) et l'âge auquel les bébés reçoivent de nombreux vaccins. Ces parents avaient intenté un recours collectif contre les fabricants du vaccin MMR. Les avocats s'occupant de ce recours collectif, pour appuyer leur cause, avaient ensuite engagé des scientifiques pour démontrer de manière rigoureuse qu'un lien réel existait entre l'autisme et le vaccin.

En 1998, un article scientifique maintenant tristement célèbre était publié dans le prestigieux journal médical The Lancet; cet article établissait le lien recherché (faisant aussi le lien avec des maladies inflammatoires de l'intestin). Naturellement, comme cet article s'inscrivait en faux avec pratiquement toute la littérature scientifique, il fit l'effet d'un pavé dans la mare. Les résultats ne semblaient pas pouvoir être confirmés de façon indépendante, et devant les passions soulevées par le sujet, l'article et sa méthodologie firent l'objet d'une attention très inquisitive. Il s'avéra très rapidement que l'article présentait de graves problèmes de méthodologie et d'éthique, à tel point qu'il fut d'abord désavoué par dix de ses auteurs en 2004, puis rétracté entièrement par The Lancet en 2010. Il ne surprendra personne, probablement, d'apprendre que l'auteur principal de cette étude avait reçu des sommes importantes de la part de ses employeurs pressés d'obtenir des arguments scientifiques pour soutenir leur cause devant les tribunaux; on comprendra que cela conduit à un sérieux conflit d'intérêts. Pas surprenant que les résultats désirés aient été obtenus.

Malheureusement, même si tout l'édifice du lien entre autisme et vaccination s'est effondré avec la réalisation que cet article de 1998 était du flan, le mouvement était lancé et il se trouve maintenant une proportion non-négligeable de gens qui, irrationnellement, insistent sur l'existence d'un tel lien.

***

Les valeurs présentées ci-haut dans le graphique de Bob sont toutes exactes, pour autant que je puisse en juger d'après mes sources. Les chiffres sur la consommation de poulet viennent d'ici et ceux sur GM ont été calculés à partir de cet article. D'autres courbes similaires et également dépourvues de lien causal avec l'autisme (je suppose!) incluaient le nombre de maisons possédant un téléphone, la taille des hamburgers depuis 1950, le nombre de gauchers sur la planète et (avec une corrélation négative!) le nombre de fois qu'une équipe canadienne a gagné la coupe Stanley.

mercredi 26 mars 2014

Étiquette









Matériel supplémentaire

Quand on salue quelqu'un en portant la main à hauteur du front, on imite le geste de retirer son chapeau. Il parait qu'on retirait son couvre-chef en signe de politesse parce qu'agir ainsi révèle notre tête en entier; une variante de l'explication (plus apocryphe) fait remonter le geste aux chevaliers qui relevaient la visière de leur casque pour montrer leur visage à leur adversaire en guise de respect. J'aime moins cette deuxième explication (bien qu'elle soit plus colorée) parce que les casques à visière il n'y en a pas eu tant que ça, et parce que des chevaliers il y en a eu encore moins. Alors qu'un chapeau, c'est quand même plus commun. Quoiqu'il en soit, le fait qu'on ne porte plus guère de galurin n'empêche pas le mouvement de persister, un peu de la même façon qu'un courant d'air froid fait hérisser les poils de nos bras même si les pauvres ne sont vraiment plus assez nombreux, depuis des millions d'années, pour apporter en se redressant une quelconque isolation thermique!

La poignée de main, autre geste faisant partie des moeurs, remonte à il y a si longtemps qu'il est bien difficile de dire quelle en est l'origine. Certains supposent que cette forme de salutation permet de montrer que notre main ne porte pas d'arme. Je suppose que c'est une explication qui se tient au point de vue symbolique, mais au point de vue pratique il me semble qu'une poignée de main double semblerait alors plus à propos. (Qui sait ce que le type d'en face cache derrière son dos s'il ne nous tend qu'une seule main? Ah! Le Judas!)

C'est un peu la même chose avec ce geste très ancien: trinquer. Le mot vient clairement de l'allemand trinken (boire) et désigne maintenant le fait de cogner deux verres l'un contre l'autre. La légende (sans référence, malheureusement) veut qu'en cognant deux verres bien remplis assez fort, on provoque l'échange de gouttes de liquide entre les deux verres. Ainsi, si l'un des buveurs a refilé subrepticement une coupe empoisonnée à son vis-à-vis, il court le risque de s'empoisonner lui aussi. C'est une jolie histoire, mais à la manière des histoires comme ça de Rudyard Kipling, elles expliquent une chose en suscitant encore plus de questions. D'abord, si le but est vraiment d'échanger le contenu de deux verres, il faut qu'ils soient sacrément pleins. Tellement pleins qu'on va certainement salir la nappe en les entrechoquant. En fait, les gens qui trinquent y vont généralement mollo pour ne pas faire de gâchis et ne pas péter la verrerie. Même plus: avec les verres de bière, on a plutôt tendance à trinquer avec le bas du verre (plus épais et plus solide) qu'avec le haut, mince et fragile - ce qui ne facilite pas l'échange des contenus, on en conviendra. (J'ai déjà vu deux amis trinquer très fort avec deux chopes de bière. Le seul mélange de boisson qui s'est fait a été sur le plancher, au milieu des éclats de chopes brisées)! Et puis, même si on réussissait à échanger quelques gouttes de liquide sans dégât, il faudrait que le poison servi à la victime soit particulièrement violent pour que l'empoisonneur en souffre suite à l'ingestion d'une si minime quantité. Surtout si c'est Mithridate, sixième du nom.

L'étiquette définit la façon correcte de se tenir en société, et s'adapte naturellement aux développement technologiques. Ainsi, je doute fort que qui que ce soit ait jamais décrété quelle était la bonne façon de se conduire dans les toilettes des hommes quand vient le temps de choisir un urinoir; et pourtant, tous les messieurs pourront vous dire quelle est la bonne façon de faire. On en vient généralement à codifier les bonnes manières (si vous recevez en même temps le pape et la reine d'Angleterre à souper, il y a une façon correcte de les placer; heureusement, il existe des guides des convenances et des bonnes manières pour venir à notre secours si jamais nous nous retrouvons dans une telle situation).

Éteindre son téléphone cellulaire (ou le mettre en mode vibration) est évidemment aussi un incontournable lors d'un souper galant ou pendant des funérailles. Peut-être qu'un jour, en signe de sympathie, on fera semblant de grelotter, imitant ainsi le téléphone qui vibre. Mais comme les cellulaires auront cessé d'exister depuis longtemps, on ne saura plus ce que veut dire ce geste, et peut-être croira-t-on qu'il s'agit d'une référence au temps où les hommes des cavernes se collaient les uns aux autres la nuit et où perdre un membre de la tribu voulait dire qu'on aurait moins chaud dans les nuits à venir.

mardi 25 mars 2014

Thèse de twit





Commerce équitable





Spam!









Matériel supplémentaire

L'être humain a toujours été sujet à des sautes d'humeur lui faisant oublier les règles les plus élémentaires du savoir-vivre qui permettent la vie en société. Une conséquence pas toujours agréable de nos nouveaux moyens de communications est que l'inhibition de certaines pulsions, qui va de mise quand on est en face de quelqu'un, semble s'effriter dans les discussions électroniques. Plus d'une personne se conduira dans les médias sociaux d'une façon très différente de celle qui serait sienne en public, et l'acceptation de tels comportements anti-sociaux est également beaucoup plus grande dans les lieux de rencontre virtuels que dans la rue.

Cela est vrai pour les individus mais également pour des entités comme les entreprises qui n'ont pas, elles, l'excuse d'être des individus émotifs sujets à toutes sortes de pulsions psychologiques. Certes, les entreprises sont dirigées par des êtres de chair et de sang; mais on s'attend à ce que leurs décisions et leur comportement soient le fruit d'une certaine stratégie commerciale, d'un certain plan, pas de réactions impulsives.

Bon, je ne veux pas dire par là qu'il est courant de voir une entreprise envoyer des courriels d'insulte ou des menaces à des client potentiels. Ce dont elles ne se privent pas, cependant, est de nous soumettre à un barrage en règle de messages publicitaires, quitte à empiéter sur notre intimité, la quiétude de notre foyer, ou notre droit à ne pas être constamment dérangé.

Beaucoup de sites web voient leur contenu rendu presque inintelligible parmi le flot d'annonces qu'on y trouve. Ce n'est peut-être qu'un moindre mal puisque de tels sites, rendant leur fréquentation très désagréable et presque inutile, finiront bien par ne plus générer de trafic et disparaîtront. Il en va autrement de notre boîte aux lettres électronique ou de notre téléphone. Certes, il existe des filtres pour limiter la quantité de messages indésirables (pour lesquels le délicieux néologisme "pourriels" a été créé) qui nous sont adressés. Mais ces filtres doivent évoluer constamment pour ne pas être contournés par des systèmes d'expédition de plus en plus astucieux; en outre, un nombre non-négligeable de "vrais" messages peuvent être considérés comme des pourriels par les filtres, faisant en sorte qu'on ne les reçoit pas.

La course entre parasites et hôtes est une histoire ancienne en biologie, et maintenant qu'elle se produit dans notre écosystème technologique on ne saurait trop s'en étonner (les parasites étant ici les pourriels et autres communications indésirables). On peut même espérer que comme les hôtes biologiques, nos systèmes de communication sauront rester un pas en avant des parasites afin de continuer à fonctionner. Cependant, il semble que quoi qu'il advienne certaines règles de comportement social auront été affectés de façon permanent par la facilité et le faible coût associé à la communication de masse. Un certain devoir de réserve semble avoir disparu.

On n'a pas eu besoin de l'invention de l'internet pour déranger les gens. Les sollicitations téléphoniques, une forme très impolie de communication commerciale, ont déjà une longue histoire. Mais comme si ce n'était déjà pas assez de troubler le repas du soir des familles pour leur demander si elles sont satisfaites de leur assurance automobile, on confie maintenant la tâche à des machines livrant un message enregistré. Y a-t-il des gens qui écoutent de tels messages jusqu'au bout sans raccrocher avec violence et un gros mot? Y a-t-il des consommateurs qui vont vraiment envoyer des sous aux instigateurs d'une telle campagne de marketing? Sûrement pas beaucoup. Mais une fraction extrêmement petite d'un nombre très, très grand peut quand même se traduire par un confortable chiffre d'affaires en bout du compte. L'important est juste de rejoindre un nombre suffisant de clients potentiels. C'est ce principe qui est la base d'un livre publié en 1995 par deux avocats américains, monsieur Carter et madame Siegel, intitulé "How to Make a Fortune on the Information Superhighway: Everyone's Guerrilla Guide to Marketing on the Internet and Other On-Line Services". En gros, son message est le suivant: avec un déluge de messages publicitaires qui ne coûtent rien (et qui sont rendus possibles par la messagerie électronique), une entreprise peut espérer attraper suffisamment de clients pour faire pas mal d'argent. Et ce message a été entendu.

Ce type de stratégie signifie bien sûr que la véritable information risque d'être noyée par un raz-de-marée de bruit de fond, comme dans le fameux sketch (datant de 1970) du groupe d'humoristes britanniques Monty Python qui a d'ailleurs donné son nom populaire aux pourriels: le mot spam. Le spam est à la base un type de viande en boîte; dans le sketch en question, qui a lieu dans un petit restaurant, le spam est ubiquitaire dans les plats offerts et la communication est constamment interrompue par un groupe de Vikings chantant "Spam!" a tue-tête et à tout bout de champ. Le terme "spam" a semble-t-il été utilisé pour la première fois dans le contexte de "texte sans importance distribué à grande échelle" en 1993.

Ce qui m'irrite le plus en ce moment est que la majorité des pourriels provenant de sources respectables (je ne parle pas des arnaqueurs, ici, mais bien d'entreprises qui devraient mieux se conduire) contiennent, en très petits caractères, l'information selon laquelle je peux me "désabonner" de la liste d'envoi pour des messages similaires. Comme si je m'étais abonné en premier lieu!!! Et comme si cette notice rendait un tel comportement acceptable! On ne crache quand même pas dans la soupe en avisant les convives que s'ils n,aiment pas ça, ils n'ont qu'à le signaler pour qu'on ne le fasse plus à l'avenir. Il faut quand même se garder une petit gêne dès le départ. En outre, les listes d'adresses que les expéditeurs utilisent leur sont données (ou vendues) sur une base régulière; se désabonner une fois ne nous assurera la paix que pour une courte période, car il y a gros à parier que notre adresse se retrouvera sur une nouvelle liste tôt ou tard. J'ai souvent eu à me désabonner de listes d'envoi venant du même expéditeur, et pour le même type de message (sans jamais m'être abonné à quoi que ce soit, il va sans dire).

Rien de tout ça n'a beaucoup d'importance dans le grand ordre des choses. Mais il témoigne d'un effritement progressif des règles de bonne conduite dans un monde où, grâce à la distance entre l'offenseur et l'offensé, il y a des coups de pied qui se perdent.

lundi 24 mars 2014

Rejet









Matériel supplémentaire

La Bible, le premier livre à être sorti des presses à caractères mobiles de Gutenberg, est une anthologie consistant de textes écrits au cours de nombreux siècles; grosso modo depuis l'exil à Babylone, six siècles avant notre ère, à quelque part comme la fin du premier siècle. En outre, les plus anciens parmi ces textes étaient fort probablement basés sur une longue tradition orale dont l'origine remonte à la plus haute antiquité.

Plusieurs religions possède un ouvrage de référence supposé avoir été donné, dicté, ou au moins inspiré par une divinité ou ses représentants. Naturellement, en termes concrets, cela veut dire qu'à un moment donné quelqu'un doit décider de ce qui constitue réellement un texte d'origine divine et ce qui est le fruit du travail d'un mortel oeuvrant peut-être avec beaucoup d'enthousiasme et de foi, mais sans sanction divine officielle. Dans les cas des Mormons, le moment où le livre sacré devient disponible sous la forme que nous lui connaissons aujourd'hui est assez facile à déterminer: le Livre de Mormon a d'abord été publié en 1830 par Joseph Smith et consiste en une oeuvre originale plutôt qu'une collection de textes plus anciens. Pour les trois grandes religions abrahamiques, cependant, ce n'est pas aussi clairement tranché. La compilation des livres sacrés du judaïsme, de la chrétienté puis de l'Islam a fait l'objet de siècles d'études qui encore aujourd'hui peuvent être discutées avec véhémence.

Le Coran ("la récitation", en arabe), pour commencer, regroupe les révélations faites à Mahomet. Ces révélations auraient continué tout au long de la vie du prophète, et leur compilation sous forme écrite aurait commencé soit peu avant ou pendant le règne du premier calife (Abu Bakr, en 632). Ali, le gendre de Mahomet, aurait selon une certaine tradition été chargé par le prophète de commencer cette compilation peu avant sa mort. D'autres soutiennent que la compilation n'aurait commencé qu'après. On s'entend toutefois de façon générale pour dire que la forme canonique du Coran a été adoptée sous le règne d'Othman (653-656) et qu'à cette époque, toutes les copies personnelles su Coran ont été brûlées. J'imagine que suite à la politique menée par Othman, toutes les versions pouvant potentiellement contenir des erreurs devaient être retirées de la circulation. On comprend tout de même que l'idée ici n'était pas d'assembler des chapitres disparates mais de compiler les sourates laissées par Mahomet.

La composition de la Bible des Chrétiens, elle, a une histoire plus longue. Les premiers adhérents de la nouvelle religion, dans le bassin méditérranéen, avaient accès à différentes textes qu'ils devaient lire et se transmettre: la Bible hébraïque ou Tanakh, naturellement, puisque la chrétienté émanait du judaïsme; mais aussi des descriptions plus récentes de la vie de Jésus, des actes de ses disciples, des lettres échangées par ceux-ci, et d'autres textes encourageant la communauté naissante à propager son message.

La Bible distribuée aujourd'hui se divise en deux parties. L'Ancien Testament contient des textes parlant des temps précédant la naissance de Jésus, alors que le Nouveau testament décrit sa vie et le fondement de la nouvelle religion. L'Ancien Testament inclut le Tanakh, mais aussi des textes qui ne se retrouve pas dans la Bible hébraïque: ainsi, on y trouvera (entre autres) les livres de Tobit, de Judith, de la Sagesse, des Maccabées; ils sont connus comme les livres deutérocanoniques. Quant à la composition du Nouveau testament, elle ne pouvait pas reposer sur la seule tradition, puisque les textes considérés étaient très récents (et même presque contemporains). Des description de la vie de Jésus comme l'évangile de Jean, l'évangile de Matthieu, celle de Luc ou de Marc nous sont familières, mais à l'époque on pouvait également tomber sur l'évangile de Pierre ou sur divers autres textes décrivant (par exemple) l'enfance d'un jeune Jésus changeant des pierres en oiseaux. Que choisir dans tout ça? Qu'est-ce qui, aux yeux des premiers chrétiens, était d'inspiration divine et qu'est-ce qui était pure création littéraire? Deux siècles de discussions ecclésiastiques se passèrent avant qu'on s'entende sur un canon officiel.

Il est possible que le format qui nous est familier aujourd'hui ait prit forme à Hippo Regius aussi tôt qu'en 393, mais les actes de ce synode nous sont perdus. On sait par contre qu'un résumé de ces actes a été lu et approuvé au concile de Carthage de 397. Le canon biblique devait cependant encore connaître certaines variations au cours des siècles; encore aujourd'hui, ce ne sont pas toutes les branches de la chrétienté qui s'entendent pour dire ce qui est canonique et ce qui est apocryphe.

Le réviseur #3 mentionné dans le dessin ci-haut,lui, relève du processus d'évaluation des travaux scientifiques; un système qui est dit d'évaluation par les pairs. Succinctement, un travail scientifique, pour se voir accorder la moindre valeur, doit être publié dans un journal à comité de lecture. Pas simplement dans un pamphlet publié à frais d'auteur, pas dans un magazine populaire, pas dans un livre. Le journal à comité de lecture, sans garantir que le travail décrit ne sera jamais remis en cause, nous inspire une plus grande confiance parce que tout article qui y est publié et qui décrit des travaux de recherche doit avoir été d'abord lu et sévèrement critiqué par deux ou trois spécialistes du domaine. Leur rôle est d'analyser sans complaisance la démarche expérimentale, les résultats et les interprétations qu'on en fait, dans le but avoué de rejeter l'article si l'un de ces aspects présente des problèmes. Bon, ne soyons pas trop vache: si des problèmes mineurs sont relevés, on donne la chance aux auteurs de l'article de le modifier (souvent en faisant quelques expériences supplémentaires). De cette façon, on s'assure que tout travail scientifique décrit dans le journal est passé à travers un rigoureux filtre d'expertise. Il a donc plus de chances d'être fiable que ce qu'on retrouve sur un obscur site web vantant les mérites du jus de poisson frais comme remède contre le cancer.

Les réviseurs formant le comité de pairs agissent de façon indépendante et anonyme, et leurs opinions ne convergent pas toujours à 100%. En cas de désaccord, le rédacteur du journal peut trancher dans un sens ou dans l'autre; la plupart du temps, il rejettera l'article même s'il n'y a qu'un réviseur sur trois qui le recommande. Ce réviseur, le "réviseur #3", a ainsi acquis une certaine notoriété dans la communauté scientifique; on le voit comme un ogre qui ne veut jamais rien comprendre. Il a donné naissance à de nombreuses interprétations comiques.

vendredi 21 mars 2014

Chaud et froid











Supplementary material

Notre enveloppe mortelle n'a pas évolué de manière à nous permettre de vivre éternellement; une réalité qui, on s'en souviendra, a poussé le docteur Faust à poser des choix regrettables. Notre physiologie est ainsi faite que nous sommes en mesure de nous reproduire pendant une certaine période, et comme la présence de parents et de grands-parents bienveillants et attentifs aide à la survie des enfants et des petits-enfants, on comprendra aisément que les mutations permettant d'atteindre un âge où on peut justement contribuer à la survie de nos gènes (via nos descendants) aient été sélectionnés.

Indépendamment de ces considérations évolutives et un peu abstraites, on peut se réjouir sur une base individuelle de ce qu'une salubrité accrue, une alimentation abondante, la protection face aux éléments et aux bêtes sauvages ainsi qu'une médecine scientifique plutôt que folklorique nous permettent maintenant d'atteindre un âge moyen qui dépasse les 80 années, bien au-delà de ce que nos ancêtres auraient pu envisager (les 969 années de Mathusalem ne sont pas reconnues officiellement, contrairement aux 122 de Jeanne Calment, parce que personne n'arrive à mettre la main sur son certificat de naissance).

Malheureusement, les circonstances peuvent couper plus tôt que prévu le fil de notre existence. Un accident est si vite arrivé, et une simple poignée de main peut nous exposer à une maladie mortelle. Par contre, ne nous laissons pas aller au fatalisme! Il y a des moyens de mitiger les risques! (Et là je ne cherche pas à vous vendre une assurance-vie, rassurez-vous).

Prenons un exemple simple mais extraordinaire: grâce à la vaccination, nous avons détruit ou sévèrement contrôlé ces deux monstres que sont la petite vérole et la tuberculose. Prenez fièrement la mesure de notre succès: d'une hécatombe de 300 millions de personnes au début du 20e siècle, nous sommes passés à... zéro victime de la petite vérole (ou variole) en 1979, date officielle de son éradication. En fait, notre succès fut tel que plusieurs individus, aujourd'hui, craignent les vaccins plus que les horribles maladies qu'ils ont aidé à anéantir et vont même jusqu'à prétendre que ces fléaux ont disparu spontanément. Oh, humanité, quand tu te mets la tête dans l'anus...

Une autre mesure que nous pouvons prendre pour prolonger nos jours est de détecter de façon précoce les signes avant-coureurs de certains cancers.

Le cancer, considéré de façon générale, est un problème avec certaines cellules qui se mettent à proliférer de façon incontrôlée. Cette prolifération finit par interférer avec l'un ou l'autre de nos systèmes vitaux (en remplissant le foie de masses de cellules qui n'ont rien à y faire, par exemple) et mène ainsi à la mort. Dans de nombreux cas, cette prolifération commence en un point précis et conduit à la croissance d'une masse de cellules cancéreuse appelée tumeur primaire. La bonne nouvelle (bon, relativement parlant, c'est sûr) est que cette masse, si elle est circonscrite et ne se trouve pas dans un endroit inaccessible, peut être enlevée chirurgicalement (ou zappée à coups de rayons gamma); si l'opération réussit à éliminer toutes les cellules au comportement prolifératoire anormal, le cancer est guéri. (Par souci de complétion, on utilisera aussi tout un arsenal de traitements, allant des drogues cytotoxiques aux radiations en passant par des anticorps ou des cytokines, pour chasser et détruire toute cellule cancéreuse qui aurait échappé à l'intervention). Une tumeur primaire par elle-même, si elle ne se situe pas dans un organe très délicat comme le pancréas, peut pousser pendant de nombreuses années sans causer grand problème. L'ennui est que plus longtemps elle se trouve dans notre corps et plus elle a de chances de laisser certaines de ses cellules essaimer, à la manière des aigrettes du pissenlit. Ces cellules vagabondes peuvent alors entrer dans la circulation et se distribuer dans le corps, donnant naissances à de nombreuses tumeurs secondaires appelées métastases. Tout jardinier ayant fait affaire à une pelouse couverte de pissenlits saura combien il est plus facile d'empêcher leur propagation dès le début que de tous les arracher une fois qu'ils se sont installés! La détection de la tumeur primaire est donc un très gros avantage dans la lutte à la maladie.

Certains cancers avec une prévalence élevée sont, fortuitement, assez faciles à détecter de façon précoce. La plupart des messieurs auront à subir à un moment donné une procédure (*hum*) invasive qui indiquera à son médecin si la prostate du patient est hypertrophiée, un signe avant-coureur d'une tumeur de la prostate. Ce cancer est le deuxième en importance à frapper les Américains mâles (après les cancers de la peau), frappant 233 000 personnes chaque année et en tuant 30 000 sur une population mâle de grosso modo 150 millions.

Chez les dames, le cancer le plus fréquent est le cancer du sein, avec 233 340 nouveaux cas et 39 620 décès aux États-unis en 2013. L'auto-inspection des seins et les mammographies permettent de repérer assez tôt la présence d'une masse inhabituelle (genre petit pois qui roule entre les doigts) et de prévenir la propagation des cellules cancéreuses.

Certains hommes souffrent aussi d'un cancer du sein, mais il y en a d'autres qui sont strictement féminins. Le cancer de l'endomètre a frappé 49 560 nouvelles personnes en 2013 (toujours aux États-unis) et a fait 8 190 victimes. Pendant ce temps, le cancer de l'ovaire y allait de 22 240 nouveaux cas et de 14 030 victimes. Le cancer du col de l'utérus, selon les mêmes sources, devait se présenter chez 12 340 nouvelles patientes en causant 4 030 décès.

En ce qui touche ce dernier cas, la bonne nouvelle est que nous savons maintenant que l'immense majorité des cas est associé à la présence d'un virus, le virus du papillome humain ou VPH (dont certaines souches causent aussi les verrues). Il existe maintenant des vaccins permettant d'immuniser les jeunes gens (filles et garçons) contre un très grand nombre de souches de VPH, et ainsi on devrait pouvoir, d'ici une génération, réduire les cas de cancer du col de l'utérus à une toute petite fraction de leur incidence actuelle. (Les garçons n'ont pas de col de l'utérus, mais leur vaccination réduira les chances qu'ils contaminent leur copine. Un argument très vendeur est qu'elle réduira aussi leurs chances de développer des verrues génitales! Ça c'est un concept motivateur !!!

Qu'en est-il de celles d'entre nous qui seraient déjà porteuses du virus? C'est là qu'entre en scène une autre approche de détection précoce: le test de Papanicolaou (ou test Pap). Il consiste à aller récupérer des cellules du col de l'utérus (d'une manière pas plus agréable que l'examen de la prostate pour les garçons) et à les examiner au microscope. Les cellules pré-cancéreuses, celles qui ne sont déjà plus normales mais n'ont pas encore atteint leur plein potentiel cancéreux, ont une physionomie qui se voit assez facilement au microscope; cela permet ainsi au médecin et à sa patiente de prendre les mesures qui s'imposent avant que le cancer n,ait eu une chance de se développer. Grâce à ce test, on estime avoir réduit le taux de mortalité. du cancer du col de l'utérus de 80%!

jeudi 20 mars 2014

Nomenclature









Matériel supplémentaire

Il n'y a pas de règle stricte quant au nom que les chercheurs donnent à un nouveau gène ou à une nouvelle protéine. Ainsi, on peut donner à une protéine un nom très utilitaire, juste parce qu'il faut bien l'appeler quelque chose; c'est le cas de la protéine p53, qui est une protéine dont le poids est de 53 KD.

On peut aussi lui donner un nom plus fantaisiste, ce qui est (pour des raisons historiques) souvent l'apanage de gènes et de protéines impliqués dans le développement, particulièrement si l'organisme étudié est une drosophile. Le gène Krüppel ("estropié" en allemand), quand il est muté, conduit à des déformations de l'embryon; le gène "hedgehog" ("hérisson" en anglais), quand il est muté, provoque l'apparition de pics sur la cuticule de l'embryon; le même gène, chez la souris, s'est vu affubler du nom "Sonic hedgehog", une référence à un jeu vidéo.

Des gènes interférant avec la fertilité chez la mouche se sont vu donner les noms tudor, valois, staufen et vasa, quatre lignées royales européennes qui se sont éteintes fautes de descendants (comme quoi même les biologistes peuvent avoir une certaine culture générale)!

On peut également donner un nom très descriptif à une protéine, que ce soit pour décrire son activité ou sa composition. Comme cela donne un nom assez long, on en fait presque toujours une abréviation, la plupart de temps sous forme d'un acronyme. Ainsi, le gène codant pour la protéine TIR DOMAIN-CONTAINING ADAPTOR MOLECULE 2 porte le nom de TICAM2. Mais encore là, comme l'acronyme lui-même contient plusieurs lettres et/ou chiffres, on a tendance à le dire à voix haute d'une seule traite plutôt que de l'épeler. On ne dira pas Té-I-Cé-A-Èm-2, mais "ticam deux".

Plusieurs acronymes se prêtent bien entendu à différentes lexicalisation (comme le nom de Yahweh, en fait, qui peut donné "Yahvé" ou "Jéhovah" selon le type de voyelles qu'on ajoute aux consonnes YHWH, attendu que les anciens textes en hébreu n'indiquaient pas les voyelles courtes -parfois avec un petit point disant "mettre une voyelle ici, mais vous savez laquelle vu que tout le monde connaît ce mot"). Le nom de gène BRCA1, par exemple, peut se dire "Bé-Èr-Cé-A-1", "Brèca Un", ou même "Barca Un" (si on a du sang carthaginois). L'origine autonome de réplication ("ARS") de levure se prononce "A-R-S" en Angleterre et "Arse" aux États-Unis, parce "arse" n'est un gros mot que chez les Grands-Bretons.

Naturellement, plus d'un étudiant dans la position heureuse de donner un nom à un gène cherchent à lui donner soit un nom rigolo, soit quelque chose d'assez ambigu pour faire sourire les collègues. J'aime particulièrement le nom "cheapdate", désiagnant une mutation rendant très sensible aux effets de l'alcool; mais il paraît que le nom "Pokémon" a dû être changé en ZBTB7A quand les propriétaires de cette marque de commerce ont réalisé que le gène en question était associéau développement du cancer. Qu'à cela ne tienne, la pikachurine, elle, fait toujours référence à Pikachu, le Pokémon le plus populaire.

mercredi 19 mars 2014

Gargamel au travail








Matériel supplémentaire

La technique que l'on voit pratiquée ici est appelée dislocation cervicale. Elle était jadis utilisée pour tuer rapidement les souris de laboratoire, et repose sur le même principe que la pendaison chez les humains: une rapide dislocation des vertèbres cervicales. Elle a été remplacée depuis (la dislocation, pas la pendaison!) par une technique plus douce: les souris sont d'abord endormies avec un anesthésique dans une chambre spéciale (par inhalation) et la chambre est ensuite emplie de CO2.

Jalousie professionnelle





mardi 18 mars 2014

PSSSHHHHHT !!!









Matériel supplémentaire

Les liquides contiennent souvent des substances dissoutes, et parmi ces substances on compte des gaz. Ainsi, vous aurez entendu parler de l'azote dissous dans notre sang, et du problème qu'il peut poser aux plongeurs qui remontent trop rapidement vers la surface après un séjour à grande profondeur. En effet, la quantité de gaz qu'on peut dissoudre dans un liquide dépend de la pression ambiante; quand un liquide est saturé en un certain gaz, il est possible de le sursaturer en augmentant la pression. C'est ce qui arrive aux plongeurs soumis aux fortes pressions du fond de la mer: il y a davantage d'azote dissous dans leur sang, et quand ils remontent trop vite la baisse de pression subite ne permet plus de maintenir l'état de sursaturation de l'azote, qui redevient alors gazeux et forme des bulles dans le sang et les tissus. Et là, il y a risque d'embolie et de dommages aux articulations. On donne le nom de maladie des caissons à ce type de problème causé par la dépressurisation, faisant référence aux pionniers du travail sous-marin qui travaillaient dans des caissons d'immersion.

De façon moins dramatique, ce phénomène de sursaturation permet de mettre des bulles dans les boissons gazeuses. On introduit du CO2 sous pression dans un liquide qui est lui-même contenu dans une bouteille (ou une canette) fermée, et comme la pression dans le contenant est élevée et constante, le CO2 reste bien tranquille en solution. Lors de l'ouverture du contenant, la baisse subite de pression permet à l'excès de gaz de s'échapper.

On aura bien sûr remarqué que le gaz ne disparait pas comme ça d'un coup dans l'atmosphère, rendant la boisson plate d'un seul coup: il s'échappe petit à petit en formant des bulles (d'où l'intérêt de la chose). Ces bulles, on l'aura aussi remarqué, ne se forment pas aléatoirement partout dans le liquide, mais à partir de point définis. Ces points sont appelés des sites de nucléation, et ils consistent en irrégularités dans la surface du contenant, dans des particules solides en suspension, ou même parfois dans des irrégularités dans la distribution moléculaire des composantes du liquide. Ce sont en tout cas des sites qui facilitent la transition entre les phases dissoutes et gazeuses du CO2.

Dans la fameuse expérience des Mentos et du Coke Diète, un ou plusieurs de ces bonbons à la menthe est jeté dans une bouteille de boisson gazeuse. (N'importe quelle boisson gazeuse, préférablement froide, fera l'affaire; cependant, les Mentos aux fruits ne fonctionnent apparemment pas bien). La surface du bonbon, faite de sucre et de gomme arabique, contient semble-t-il une grande quantité d'irrégularités structurales qui servent de sites de nucléation. Le CO2 peut donc commencer à former des millions de bulles simultanément, et soulevé par autant de gaz libéré d'un coup, le contenu de la bouteille fout le camp violemment par le goulot en créant un geyser qui fait la joie de tous les chimistes en herbe. Le fait que le bonbon soit lourd et coule au fond de la bouteille augmente l'efficacité du processus, car toute sa surface est ainsi exposée au liquide et la vague de bulles vient du fond du contenant. Le fait qu'il contienne aussi de la gomme arabique qui agit comme surfactant et réduit la tension de surface de l'eau, facilite aussi la transition du CO2 de l'état dissous à l'état gazeux.

vendredi 14 mars 2014

Abstinence





Matériel supplémentaire

Les rotifères bdelloïdes sont des invertébrés qui vivent dans l'eau douce ou les sols humides; ils se promènent en nageant ou en rampant à la manière des sangsues, en utilisant leur tête et leur pied en alternance comme point d'appui. "Bdelloïde" veut d'ailleurs dire "ressemblant à une sangsue". Leur particularité la plus spectaculaire est que cette classe de rotifères se reproduit de façon asexuée depuis des millions d'années; les mâles n'y existent pas et les femelles s'y reproduisent de façon parthénogénétique (les oeufs ne sont pas le produit d'une méiose). L'analyse génétique des différentes "espèces" (360 espèces de bdelloïdes environ) suggère que leur dernier ancêtre commun vivait il y a grosso modo 80 millions d'années.

Pourquoi en faire tout un pastis? Après tout, il existe de nombreuses créatures qui se reproduisent de façon asexuée. Les bactéries le font tout le temps; les levures peuvent alterner entre reproduction asexuée et sexuée; et même chez les animaux, en parallèle avec certaines naissances "virginales" chez le dindon, le dragon du komodo, le requin ou l'écrevisse, on connaît des lignées dépourvues de mâles chez diverses crevettes du genre Artemia et chez plusieurs lézards comme Cnemidophorus neomexicanus. Mais voilà: toutes ces espèces animales utilisaient la reproduction sexuée avant de devenir parthénogénétiques, et pour autant qu'on puisse en juger, les lignées animales parthénogénétiques ne durent jamais longtemps. Après quelques millions d'années elles s'éteignent, fort probablement parce que l'absence de variété allélique découlant d'une reproduction asexuée réduit leur capacité à faire face aux bouleversements environnementaux. On peut aussi supposer que le cliquet de Müller, en absence de méiose, amplifie leur vulnérabilité génétique. Les bdelloïdes font donc figure d'exception, avec leur capacité à résister à des millions d'années sans reproduction sexuée.

Une explication à cette anomalie peut être la suivante: il semble qu'au sortir d'hibernation, les bdelloïdes en croissance qui réparent leurs cellules endommagées en profitent pour incorporer tout ADN qui passe à leur portée, quand bien même ce serait l'ADN présent dans leurs aliments. Ce transfert latéral massif permettrait d'enrichir leur matériel génétique.

De façon très intéressante, l'absence de méiose fait qu'il n'y a pas de recombinaison méiotique chez les bdelloïdes; chaque paire de chromosomes voit donc les deux copies devenir progressivement de plus en plus différentes avec le temps, en accumulant indépendamment des mutations qui ne sont pas partagées (1).

Les anneaux de pureté, eux, (ou bagues de virginité) sont issus d'un mouvement religieux conservateur américain des années 1990, un mouvement faisant la promotion de l'abstinence comme moyen de contraception. Le port d'un tel anneau indiquait aux partenaires potentiels qu'on avait l'intention de rester vierge jusqu'au mariage.



(1) Dawkins, R. The ancestor's tale, Mariner Books, New York, 2004, page 429.